La création du musée est intimement liée à Alexandre du Sommerard (1779-1842) qui réunit une vaste collection consacrée aux arts du Moyen Âge et s'installa en 1832 dans une partie de l’ancien hôtel des abbés de Cluny (fin XVe). En 1843, l’État acquiert l’hôtel, ses collections, puis, dans le même temps, la Ville de Paris cède les thermes gallo-romains (Ier siècle av. J.-C.) et le dépôt lapidaire qu'il contenait. Le musée de Cluny était né. Deux bâtiments sont ensuite construits pour agrandir le musée : un pour les collections à la fin du XIXe siècle, un pour un nouvel accueil en 2018. Le musée possède près de 23 000 oeuvres et objets, sur une période allant de la Gaule romaine jusqu'au XVIe siècle, et couvrant une zone géographique comprenant l'Europe mais également l'Orient byzantin et musulman ainsi que le Maghreb. Quelques chefs-d’oeuvre : les Apôtres et les vitraux de la Sainte-Chapelle; la rose d’or de Bâle; les tentures de La Dame à la licorne et de saint Étienne; les couronnes wisigothiques; les têtes de la galerie des rois de Juda de Notre-Dame de Paris.

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